На основе решения Правительстве Республики Таджикистан от 29 ноября 2017 года, №547 Военный госпиталь и военно-врачебная комиссия были выведены из состава Медицинского управления и включены в состав организаций и структур Комитета.
Военный госпиталь проводит совокупность медицинских мероприятий и других мероприятий, направленных на охрану здоровья военнослужащих Комитета, рабочих, служащих и членов их семей, и несет за них ответственность.
Военный госпиталь состоит из отделения терапии и инфекционных заболеваний, отделения хирургии и реанимации, военно-врачебной комиссии, поликлиники, приёмного отделения, отделения    кадров   и   работы с личным составом, финансово-хозяйственного отделения, отделение охраны и лиц технического обслуживания.