Отдел Комитета по Кулябской группе районов Хатлонской области на базе Штаба КЧС по Хатлонской области был создан Постановлением Правительства Республики Таджикистан от 27 ноября 1999 года № 479 «О Министерстве по чрезвычайным ситуациям и гражданской обороне Республики Таджикистан». Постановлением Правительства Республики Таджикистан «О Комитете по чрезвычайным ситуациям и гражданской обороне при Правительстве Республики Таджикистан» от 29 ноября 2017 года, № 547, Штаб по чрезвычайным ситуациям и гражданской обороне по Куябской группе районов был переименован в Отдел Комитета по чрезвычайным ситуациям и гражданской обороне.
Целью создания отдела была координация работы, а также обеспечение организованного и своевременного управления оперативной деятельностью, улучшение соответствий действий в чрезвычайных ситуациях природного и техногенного характера, а также военного положения.