На основании протокола заседания при Первом заместителе Совета Министров Республики Таджикистан Каримова Д.Х. от 17 января 1992 года за №3 в целях дальнейшего продолжения деятельности системы оповещения озера Сарез, Управление по эксплуатацию системы "Усой" была включена в структуру штаба гражданской обороны Республики Таджикистан.
17 августа 1994 года Управление по эксплуатации системы Усой было включено в состав Комитета по чрезвычайным ситуациям и гражданском обороны при Правительстве Республики Таджикистан, как независимая невоенизированная структура и в 1998 году было преобразовано в военизированную структуру.
В целях регулирования деятельности Управления в 2017 году на основании Постановления Правительства Республики Таджикистан от 29 ноября 2017 года за №547 "О Комитете по чрезвычайным ситуациям и гражданской обороне" при Правительстве Республики Таджикистан, управление по эксплуатации системы Усой и вопросов Сарезского озера преобразовано в Управление по вопросам озера Сарез.      В управление осуществляют деятельность два ведущих отделов, отдел мониторинг и анализа и отдел раннего оповещения.