Медицинское управление действует как основной блок контроля Комитета по реализации государственной политики в сфере здравоохранение, организация и проведение мероприятий по охране здоровья личного состава по чрезвычайным ситуациям и гражданской обороне при правительстве Республики Таджикистан, причине возникновения и условия развитие заболевание, травм, обучение и разработка мероприятий и их предупреждению.
В составе медицинского управления действуют отделение профилактики, санитара – эпидемиологическое и отделение медицинского обеспечение.
Отделение профилактики, санитара – эпидемиологические проводит постоянный контроль за санитарным состоянием, осуществлением противоэпидемических и санитарных норм в структурах Комитета, а также осуществляет обучение и анализ санитара – эпидемиологического состояния в пунктах постоянный дислокации войск в приделах правил и санитара – эпидемиологических наук.
Отделение медицинского обеспечения контролируя психологического состояние личного состава Комитета с целю обеспечение населения первичными необходимыми медикаментами, средствами первой помощи при возникновении чрезвычайных ситуации, а также для оказания медицинских услуг, оказания первой медицинской помощи принимает необходимые меры.