В 1994 году, после учреждения Комитета по чрезвычайным ситуациям и работ гражданской обороны при Правительстве Республики Таджикистан, задачи по строительству были возложены на инженерно-технический отдел Управления по защите населения и территорий.

На основании Решения Правительства Республики Таджикистан № 1239 от 2 июля 1999 года был учреждён Комитет по чрезвычайным ситуациям и гражданской обороне Республики Таджикистан, одной из составляющих структур которого стало Управление строительства, распределения войск и эксплуатации зданий и сооружений.

Решением Правительства Республики Таджикистан № 547 от 27 ноября 2017 года была усовершенствована структура Комитета и в Управлении был создан отдел организации строительства и сектор эксплуатации зданий и сооружений. В компетенцию Управления входят заключение договоров с подрядными организациями, представление проектно-сметной документации, организация рабочих групп по контролю готовности и сдачи в эксплуатацию зданий и сооружений, определение нанесённого ущерба зданиям Комитета стихийными бедствиями, представление проекта государственной инвестиционной программы по восстановлению и продолжению строительства сооружений Комитета, а также подготовка проектов, обеспечение строительно-подрядных организаций проектно-сметной документацией.